О чём речь конкретно неясно ! Для советов нужна конкретика, к каждому дефекту надо подходить индивидуально.
Кто полномочен решить спор??
У Вас с заказчиком договорные отношения. В договоре все написано. ГК РФ Вам в помощь.
В завесе неопределенности и туманности в поставленном вопросе, пойдем дальше. Вы лаборатория...беспристрастна и независима, по вашим словам. Т.е. должны соответствовать ГОСТ 17025, следовательно у вас написана большая процедура по решению таких вопросов с заказчиками.
7.9.1 Лаборатория должна иметь документированный процесс для получения, рассмотрения жалоб (претензий) и принятия решений по жалобам (претензиям).
О чём речь конкретно неясно ! Для советов нужна конкретика, к каждому дефекту надо подходить индивидуально.